В плане мечеть представляет собой квадрат с прямоугольным выступом на южной стороне, где устроена алтарная часть. Высокий минарет с резным граненым шерфе (обходным балконом) увенчан тремя металлическими шарами с полумесяцем. Такая же пирамида из металлических шаров с полумесяцем на вершине украшает и сферический купол молитвенного зала.

Спокойный и скромный кубовидный объём мечети ярко контрастирует со стройным минаретом и 16-гранным подкупольным барабаном. Стены здания сложены из хорошо обработанных и тщательно подогнанных камней.

Мечеть Муфтий-Джами многие годы служила храмом туркам, крымским татарам и крымским армянам. После революции она долго пребывала в разрушительном запустении, но в 1975 г. её отреставрировали. Сейчас мечеть Муфтий-Джами, являясь памятником архитектуры, выполняет и своё первоначальное назначение – является действующим мусульманским храмом.